Die Magnetresonanztomographie (MRT) kann MS-Entzündungsherde im Gehirn oder Rückenmark nachweisen. Typisch für Multiple Sklerose sind sogenannte periventrikuläre Entzündungsherde (neben den Seitenventrikeln, einer bestimmten Hirnregion, gelegen).
Auch Entzündungsherde im Bereich des "Balkens", einer weiteren Hirnregion, gelten als charakteristisch für MS.