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Als Autoinokulation bezeichnet man in der Medizin die Selbstinfektion durch Keimverschleppung.

Dabei kann es um Erreger aus infizierten Läsionen (z.B. Warze oder Wundinfektion) handeln, die an andere Stellen des Körpers verfrachtet werden und dort ebenfalls eine Infektion auslösen. Oder um Mikroorganismen, die nur wahlweise krankheitserregend (fakultativ pathogen) sind, beispielsweise wenn sie von ihrem unauffälligen Dasein in der körpereigenen Flora der Haut oder des Darms in andere Körperbereiche (z.B. Auge, Genitalbereich, Wunde) befördert werden. Die Übertragung erfolgt dabei in der Regel durch Hände oder Gegenstände (Schmierinfektion).

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