Kennzeichnend für die Analthrombose ist das plötzliche Auftreten unterschiedlich großer rötlich-bläulicher Knoten am Analrand, die sehr schmerzhaft sind, da die betroffene Analhaut äußerst empfindlich ist.
Auch andere Erkrankungen im Analbereich wie eine Analfissur oder Hämorrhoiden können schmerzhaft sein. Dabei finden sich jedoch oft auch Blutauflagerungen auf dem Toilettenpapier, die bei der Analthrombose in der Regel fehlen.
